Waisai adalah ibu kota Kabupaten Raja Ampat yang berada di bagian selatan Pulau Waigeo, yang dibangun pada tahun 2003 seiring dengan pemekaran Raja Ampat menjadi kabupaten. Waisai merupakan rumah bagi sekitar 10.000 penduduk, yang beberapa tahun belakangan ini berkembang menjadi titik transit bagi wisatawan. Dapat diakses dengan kapal cepat dari Kota Sorong, Waisai adalah kota kecil yang masih berkembang dengan penduduk setempat yang ramah.
Waisai adalah lokasi terakhir dan terdekat dari KKP Kepulauan Raja Ampat dengan fasilitas dan layanan tersebut di atas. Waisai juga merupakan lokasi Kantor Pusat BLUD UPTD Pengelolaan KKP Kepulauan Raja Ampat, salah satu tempat dimana pengunjung dapat membeli kartu Layanan Pemeliharaan Jasa Lingkungan (LPJL).
Kota Sorong adalah ‘gerbang’ bagi wisatawan untuk memasuki Raja Ampat. Nama “Sorong” sendiri konon berasal dari kata “Soren”, yang berarti “laut dalam dan bergelombang” dalam bahasa Suku Biak, yang melakukan perjalanan ke berbagai pulau di wilayah tersebut sebelum memilih untuk menetap di Raja Ampat.