Dalam sebuah lingkungan yang sensitif dan beragam seperti Raja Ampat, yang sedang mengalami periode perubahan dan perkembangan yang belum pernah terjadi sebelumnya, upaya-upaya pencatatan, penafsiran, dan penggunaan indikator kesehatan ekosistem sangatlah penting untuk membuat keputusan-keputusan pengelolaan yang baik.
Pemantauan ekosistem mengukur variabel fisik, kimiawi, dan biologis pada setiap saat dan dari setiap tempat, yang bertujuan untuk memberikan informasi tentang perubahan ekosistem. Meskipun ada indikator kesehatan ekosistem jangka pendek dan panjang, namun mengingat sensitivitas dan kerumitan dari ekosistem, serta perubahannya yang terjadi perlahan-lahan, ekosistem membutuhkan pemantauan dalam jangka waktu yang panjang dan berulang-ulang.
Melalui kerja sama dengan para pemangku kepentingan termasuk ilmuwan, universitas, pemerintah dan organisasi non-pemerintah, Badan Layanan Umum Daerah Unit Pelaksana Teknis Daerah (BLUD UPTD) KKP Kepulauan Raja Ampat melakukan berbagai upaya pemantauan ekologi yang berkelanjutan, termasuk:
Semua informasi yang diperoleh melalui kegiatan pemantauan ditafsirkan dan digunakan untuk menentukan efektivitas pengelolaan KKP dalam melindungi keanekaragaman hayati, yang digunakan dalam pengembangan perencanaan dan pengelolaan yang efektif.