Seperti halnya di tempat lain di Raja Ampat, Kepulauan Misool memiliki terumbu karang yang melimpah, dan dikenal karena keragaman jenis terumbu karang lunaknya. Mulai dari formasi bebatuan yang muncul ke permukaan, bommies, hingga kepada struktur terumbu karang yang menggantung (overhang), yang kesemuanya dipenuhi beragam biota laut.
Dari kipas laut berukuran besar hingga tunicata dalam beragam ukuran, kesemua warna dan bentuk berbaur menjadi latar bagi kawanan ikan kue atau barakuda, atau bahkan ikan ekor kuning yang berukuran lebih besar. Kerapu dan hiu dapat dijumpai hampir setiap waktu, bersamaan dengan biota laut berukuran teramat kecil seperti kuda laut bargibanti dan siput laut yang berwarna-warni.
Sebagian pantai di dalam wilayah KKP Kepulauan Misool merupakan salah satu lokasi peneluran penyu hijau (Chelonia mydas)dan penyu sisik (Eretmochelys imbricata)di Raja Ampat, sementara beberapa muara sungai merupakan habitat alami bagi populasi buaya air asin. Selain itu, wilayah perairan Kepulauan Misool telah diidentifikasi sebagai wilayah agregasi pari manta.
Salah satu objek wisata alam lainnya yang unik di Misool adalah tiga danau air asin yang lokasinya sama sekali terpisah sama sekali dari laut. Danau-danau tersebut merupakan habitat bagi ubur-ubur yang tidak menyengat. Mengingat sensitivitas habitat ubur-ubur tersebut, semua pengunjung harus mematuhi semua Regulasi dan Tata Perilaku (Code of Conduct) yang berlaku.
Selain ekosistem terumbu karang, di pesisir KKP Kepulauan Misool juga terdapat hutan bakau dan padang lamun, termasuk jenis bakau air tawar yang langka. Persebaran hutan bakau di Misool cukup luas, mulai dari daerah di sekitar Kampung Kapatcol, Biga, Gamta, Magei, Fafanlap, dan Tomolol. Bagi masyarakat lokal di Misool, hutan bakau juga berfungsi sebagai habitat penting penyedia sumber makanan seperti ikan, udang, dan kepiting
Meskipun lokasinya relatif cukup jauh baik dari Sorong maupun Waisai, Kepulauan Misool adalah salah satu destinasi wisata utama di Raja Ampat. Kepulauan Misool memiliki beragam potensi pariwisata baik di laut maupun di darat.
Kepulauan Misool adalah ‘rumah’ bagi kawasan hutan tropis yang dilindungi seluas 115.056,64 hektar yang berstatus sebagai Cagar Alam, dan pengawasannya berada di bawah Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam(BBKSDA) Papua Barat; sebuah unit pelaksana teknis di bawah Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan (KLHK).
Selain wisata alam, di Kepulauan Misool juga terdapat artefak berupa lukisan tebing atau rock painting, dan beberapa gua yang memiliki nilai dan interpretasi sejarah, yang hingga kini masih dikeramatkan oleh masyarakat lokal.
Penghidupan sebagian besar masyarakat di Asia dan Ayau bergantung pada hasil laut, terutama kerapu. Mengingat wilayah Kepulauan Asia dan Ayau adalah lokasi pemijahan kerapu, sepanjang tahun 1990-an, kapal-kapal dari Hong Kong akan melakukan perjalanan ke sini untuk membeli kerapu hidup dari masyarakat. Namun, praktik ini, bersamaan dengan penggunaan bom dan sianida, secara perlahan-lahan dihilangkan seiring dengan mulai dikembangkannya Asia dan Ayau sebagai kawasan konservasi perairan pada tahun 2007.
Selain ikan, ada jenis cacing laut yang hanya dapat ditemukan di perairan KKP Kepulauan Asia dan Ayau, yang muncul pada waktu-waktu tertentu.
Patroli masyarakat dari Yayasan Misool memiliki pos pengawasan yang, meskipun berbeda pulau, namun tetap berdekatan dengan Misool Eco Resort berada.
Selain patroli rutin, inisiatif berbasis masyarakat dari Yayasan Misool ini juga menggunakan bantuan radar dan drone dalam membantu upaya-upaya pengawasan dan pelestarian lingkungan yang mereka lakukan.
Upaya-upaya tersebut telah membuahkan hasil yang cukup signifikan, dengan peningkatan biomassa ikan pada tahun 2013 sebesar 250% ‘hanya’ dalam waktu enam tahun.
Sebuah studi terpisah menyatakan bahwa terdapat hiu sebanyak 25 kali lebih banyak di dalam kawasan konservasi dibandingkan dengan di luar kawasan. Selain itu, studi yang sama juga mencatat bahwa penampakan pari manta oseanik (Manta birostris) juga meningkat sebesar 25 kali lipat antara tahun 2010 dan 2016.
Sebagai salah satu lokasi yang indah dan bernilai ekologis penting di Raja Ampat, aktivitas pariwisata di Kepulauan Misool yang terus meningkat harus dikelola secara hati-hati dan berkelanjutan. Mengingat arealnya yang luas dan terpencil, Kepulauan Misool terancam oleh aktivitas perikanan yang tidak ramah lingkungan, merusak, dan ilegal, yang menyia-nyiakan upaya konservasi di sana.
Masyarakat lokal berkolaborasi dengan sektor privat, pemerintah, dan organisasi-organisasi non-pemerintah berjuang untuk melindungi wilayah perairan dan daratan Kepulauan Misool, serta mendukung pengelolaan dan pembangunan berkelanjutan melalui penerapan zonasi yang tegas, patroli masyarakat, dan juga praktik kearifan lokal “Sasi.”
Klik Peta untuk meluaskan, dan lihat Legenda di bawah ini
Until penjelasan terperinci mengenai semua kegiatan yang diatur di dalam Peraturan Zonasi, silakan lihat Tabel 14, halaman 48-51 dari dokumen Rencana Pengelolaan dan Zonasi Kawasan Konservasi Perairan Kepulauan Raja Ampat 2019-2038.