Personil Jaga Laut dari BLUD UPTD Pengelolaan KKP Kepulauan Raja Ampat secara rutin berpatroli di semua KKP di Raja Ampat untuk mengawasi kegiatan-kegiatan yang mencurigakan atau bersifat ilegal, dan bekerjasama dengan aparat penegak hukum seperti Kepolisian Republik Indonesia (Polri), Tentara Nasional Indonesia Angkatan Laut (TNI AL), dan penyidik perikanan.
BLUD UPTD Pengelolaan KKP Kepulauan Raja Ampat juga bertanggungjawab dalam mengawasi dan menegakkan aturan di dalam zona-zona KKP, meningkatkan kesadaran masyarakat mengenai konservasi, mendorong aktivitas pariwisata yang berkelanjutan, dan meningkatkan manfaat-manfaat ekonomis yang dihasilkan melalui upaya konservasi bagi masyarakat lokal.
Mengelola dan melindungi kawasan konservasi perairan seluas 2+ juta hektar secara jangka panjang memerlukan pendanaan yang sangat besar dan berkesinambungan, yang tidak mungkin diwujudkan jika hanya bergantung kepada anggaran pemerintah semata.
Karena itulah, salah satu strategi yang dilaksanakan untuk memastikan keberlanjutan pendanaan pengelolaan KKP adalah melalui sistem keuangan badan layanan umum daerah atau BLUD. Sistem tersebut menyediakan fleksibilitas bagi BLUD UPTD Pengelolaan KKP Kepulauan Raja Ampat untuk memperoleh dana dari sumber pendapatan lainnya selain anggaran pemerintah.
Selain anggaran pemerintah dan dana hibachi, BLUD UPTD Pengelolaan KKP Kepulauan Raja Ampat juga memiliki apa yang disebut dengan Tarif Layanan Pemeliharaan Jasa Lingkungan (Peraturan Gubernur Papua Barat Nomor 4 Tahun 2019). Kesemua pendapatan tersebut dikelola secara langsung dan eksklusif untuk kepentingan pengelolaan KKP.
Selain sistem keuangannya yang khas, BLUD UPTD Pengelolaan KKP Kepulauan Raja Ampat juga dimungkinkan untuk merekrut tenaga profesional non-aparat sipil negara yang bersesuaian dengan kebutuhan organisasi.